Alle tre headsets har flere privatindstillings- og sikkerhedsfunktioner til fælles. En af disse er Privacy Indicator, der giver brugerne større indblik i, hvilke følsomme tilladelser de installerede apps aktuelt bruger. Folk kan selv bestemme, hvem der ser deres oplysninger, eller hvilke data de deler med Meta. Det er også nemt at anmelde misbrug eller anden dårlig opførsel.
Meta Quest 3, Meta Quest 3S og Meta Quest Pro har desuden yderligere beskyttelse, der understøtter enhedsspecifikke funktioner.